唯心聖教學院是由財團法人唯心聖教功德基金會護持向教育部以宗教研修學院設立辦法申請成立之大學。財團法人唯心聖教功德基金會緣起於乙亥年(民國84年)秋，王禪老祖師尊慈悲聖示，為弘揚易經心法與風水妙法，廣利眾生，需從根本拔除娑婆世界眾生之苦，期能達成清淨人間佛世界，故創立社團法人中國人間淨土功德會。之後於庚辰年(民國89年)向內政部申請登記為財團法人中國人間淨土功德基金會。基金會的成立，使有緣之善知識有行善積德、佈施、廣利眾生之平台。基金會在成立之初，重點工作是培養弘法利生之師資與人才、規劃禪機山衛視台、製作與印製宗主混元禪師開示之易經心法、風水妙法及各式經典之書籍和錄音(影)帶、以及興建世界和平元點台中道場。

後續於民國99年4月26日經內政部通過更名為「財團法人唯心聖教功德基金會」。基金會設立宗旨以「為傳揚唯心聖教教義，以中華文化道統之易經心法為基礎予以弘揚普傳。從為國修道、為人類祈福之上乘心念為始，以『養賢蓄才，振民育德，高尚其志，天下太平』之四大修行原則，行利他、莊嚴、成就、圓滿之法」。基金會在唯心聖教宗主混元禪師之創辦領導下，帶領著一群具宗教關懷，有遠見的成功企業家，正戮力於唯心聖教四十八大願之弘揚與實踐。此乃成立唯心聖教學院之目的，因此於本基金會之捐助章程第四條第三款已載明籌設宗教學院為法人之目的事業，且已於民國98年11月8日之第二屆第十次董事會議，全體與會董事一致表決同意籌設宗教學院，並經主管機關內政部核備在案。

唯心聖教宗主混元禪師於戊戌年(民國107年)9月15日，本唯心聖教大凡寺三元金鑾殿安座大典開示玉皇大帝之開示曰：「唯心聖教之天命是『防止世界之飢餓與貧窮而發生之戰爭』」。於2015年聯合國發佈《翻轉我們的世界：2030 年永續發展方針》，公佈17項2030年永續發展目標。聯合國永續發展大會提出消除貧窮是今日全世界所面臨的最大全球挑戰，解救人類脫離貧窮與飢餓是當務之急的一項使命。混元禪師於民國102年1月1日開示唯心聖教世界和平大法輪–唯心四八大願，混元禪師開示：「唯心聖教法源中華文化道統易經先天八卦為體後天八卦為用，體用兼備合成十六法源」。十六法源分別為宗教、教育、法人、傳播、建寺納賢、社會服務、為國修道、為民祈福、弘法、出版、建設總壇、文化交流、共修、成就、保護大地、成就果位。每一法源各有子項，合計共有四十八大願。十六法源四八大願具備「現代性」、「現實性」、「實用性」、「當下性」、及「未來性」等五大特性，是當前最立即解決世界問題之法寶。混元禪師希望經由唯心聖教四十八大願之實踐，來解決當前世界所面臨的問題，以達天下太平之本願。在本教知行合一的理念下，財團法人唯心聖教功德基金會就是火車頭，帶動著唯心聖教世界和平大法輪『行』駛前進，即是混元禪師開示：「法船載道法輪常轉，唯心四八大願利人天」。

目前基金會於全台各地廣邀社會大眾有緣人士加入基金會成為會友，並於各地區組織成立支會，深入社區為當地平安服務，發揚實踐混元禪師開示之大家學易經真言：「大家學易經，做人處事可安心；大家學易經，身體健康心安寧；大家學易經，做事工作可順心；大家學易經，大人小孩皆聰明；大家學易經，公司客戶無欺心；大家學易經，修行道上可見性；大家學易經，家庭圓滿一條心；大家學易經，國家社會見太平」，並以「學會保護自己、不傷害他人、進而幫助他人」之利他精神為目標，共轉世界和平大法輪–十六法源四八大願。十六法源的第四十八大願是「回歸自性唯心淨土」，故當全球人類皆能回歸自性唯心淨土時，則天下太平矣。此即是財團法人唯心聖教功德基金會護持成立唯心聖教學院之本願。